جامعة الأقصى مؤسسة حكومية مستقلة علمياً وأكاديمياً، يشرف عليها مجلس أمناء مستقل يقرر سياساتها ويتحمل مسؤولياتها. ووفقاً لقانون التعليم العالي رقم (6) لعام 2018م والأنظمة الصادرة بمقتضاه عن وزارة التربية والتعليم العالي تهدف الجامعة إلى نشر المعرفة، وتعميق جذورها، وخدمة المجتمع الفلسطيني وتطويره في إطار فلسفة تستند إلى المفاهيم الوطنية وتراث الحضارة العربية والإسلامية.
بدأت جامعة الأقصى سنة( 1955م ) كمعهد للمعلمين تحت إدارة الحكومة المصرية، وكان الهدف آنذاك هو إعداد المعلمين وتأهيلهم, وفي عام( 1991م ) تطور المعهد إلى كلية عرفت بكلية التربية الحكومية، ومنذ ذلك الحين أخذت الكلية تتنامى شيئاً فشيئاً في خططها التعليمية، وأقسامها العلمية، وأساتذتها، وطلابها، وتخرج منها كثير من المدرسين والباحثين ذوي الكفاءة العلمية والتربوية العالية من حملة البكالوريوس والليسانس، كما كان لها دور بارز في تخريج عدد من حملة درجتي الماجستير والدكتوراه عبر برنامج الدراسات العليا المشترك مع جامعة عين شمس، ومع بداية العام الجامعي (2000/2001م ) تم تحويل الكلية إلى جامعة الأقصى التي يديرها مجلس استشاري مكون من (11) عضواً.
تضم الجامعة حالياً عشر كليات، هي: كلية العلوم التطبيقية، كلية الآداب والعلوم الإنسانية، كلية التربية، كلية الإعلام، كلية الفنون، كلية الإدارة والتمويل، كلية التربية البدنية والرياضة، كلية الحاسبات وتكنولوجيا المعلومات، كلية العلوم الطبية، وكلية مجتمع جامعة الأقصى للدراسات المتوسطة، مع العلم بأن جامعة الأقصى هي الجامعة الوحيدة في قطاع غزة التي تمنح درجة البكالوريوس في تخصصات الإعلام والفنون والتربية البدنية والرياضة.
يبلغ عدد طلابها حوالي (22240) طالباً وطالبة، كما تضم الجامعة (564) عضو هيئة تدريس، و(560) موظفاً إدارياً في فروع الجامعة.
ساهمت الجامعة وعلى مر مراحل تطورها واتساعها في تهيئة الطلبة ليكونوا مواطنين فاعلين في مجتمعهم، ومنافسين قادرين على تحمل مسؤولياتهم تجاه مجتمعهم، إضافة إلى تقوية صلتهم بمجتمعهم وتنمية روح التعاون فيما بينهم، وقد عززت الجامعة في طلبتها مبدأ التفاعل الديمقراطي المبني على أساس احترام الآخرين.
لعبت الجامعة – منذ تأسيسها – دورا محورياً في تأهيل وتنمية القدر الأكبر من موارد ومصادر المجتمع المحلية ولاسيما البشرية منها، وذلك عبر ما تقدمه الجامعة من برامج تعليمية بحثية وتدريبية متخصصة في حقول تكنولوجيا المعلومات والعلوم، وعلى صعيد السياسة والإدارة والاقتصاد وفي مجالات التربية وإعداد المعلمين وفي حقول الإعلام والرياضة. كل ذلك لخدمة المجتمع الفلسطيني والمساهمة في تطوره الاقتصادي والاجتماعي.