تشتمل الخطة الإستراتيجية لجامعة الأقصى للأعوام الخمس القادمة 2019- 2023 م على ست قضايا استراتيجية تعكس الغايات الإستراتيجية للجامعة وهي:
1. البرامج الأكاديمية.
2. البحث العلمي.
3. خدمة المجتمع.
4. الشراكة المستدامة.
5. الأداء المؤسسي.
6. قدرات الطلبة التنافسية.