بدأت جامعة الأقصى سنة 1955م كمعهد للمعلمين تحت إدارة الحكومة المصرية، وكان الهدف آنذاك هو إعداد المعلمين وتأهيلهم. وفي عام 1991م تطور المعهد إلى كلية عرفت بكلية التربية الحكومية، ومنذ ذلك الحين أخذت الكلية تتنامى شيئاً فشيئاً في خططها التعليمية، وأقسامها العلمية ، وأساتذتها ، وطلابها ، وخرجت كثيراً من المدرسين والباحثين ذوى الكفاءة العلمية والتربوية العالية من حملة البكالوريوس والليسانس والدكتوراة عبر برنامج الدراسات العليا المشترك مع جامعة عين شمس ومع بداية العام الجامعي 2000/2001م تم تحويل الكلية إلى جامعة الأقصى.