مازالت جامعة الأقصى الجامعة الرائدة في برامج الدراسات العليا (ماجستير ودكتوراه)، من أجل تلبية حاجة قطاع غزة إلى الكفاءات العلمية، وأسهمت الجامعة في رفد مؤسسات التعليم العالي كافة في الأراضي الفلسطينية بالكفاءات العلمية من حملة الدكتوراه والماجستير، من خلال البرنامج المشترك الذي أسس عام 1994م، وقد بلغ عدد خريجي البرنامج الذين حصلوا على درجة الدكتوراه من خلال البرنامج المشترك (303)، وأما حملة الماجستير فبلغ (357)، كما قامت الجامعة المزيد..
