تعتبر النفايات واحدة من أهم التحديات البيئية في قطاع غزة نظراً للزيادة المفرطة في عدد سكانه مصحوباً بزيادة كميات المخلفات، حيث تسعى جامعة الأقصى للتخفيف من أثر النفايات على بيئة قطاع غزة من خلال تنفيذ برامج التوعية البيئية حول سياسات يمكن اتباعها لتقليل انتاج النفايات في الحرم الجامعي، كما وتتبع سياسات لتقليل استهلاكها من الورق والبلاستيك داخل الحرم الجامعي، وتدرس مشروع تحويل النفايات العضوية الناتجة من كافتيريا الجامعة إلى سماد عضوي يتم استخدامه في الزراعة في الحرم الجامعي.