في ظل ظروف قطاع غزة الصعبة ومعاناته من ندرة الموارد المائية والكثير من المشاكل المصاحبة للمياه كالملوحة وغيرها، تم مؤخراً افتتاح وتشغيل محطة التحلية والتبريد بفرع الجامعة في خانيونس بقدرة 5 كوب/ساعة لزيادة كمية المياه الصالحة للشرب وتحسين جودتها في جامعة الأقصى، كما تحاول الجامعة التخفيف من أزمة المياه من خلال تنفيذ برامج التوعية لرفع كفاءة استخدام مرافق المياه وتشجيع الطلبة والموظفين لتوفير المياه كما وتحرص الجامعة على استخدام صنابير المياه الموفرة مما يقلل نسبة الفاقد فيها، كذلك تدرس الجامعة إمكانية تنفيذ مشروع تجميع مياه الأمطار الهاطلة على الحرم الجامعي وإعادة استخدامها.