تم افتتاح برنامج ماجستير الرياضيات في جامعة الأقصى بقطاع غزة سنة 2022 نظرا للزيادة الملحوظة في أعداد الطلبة الخريجين من الجامعات في مرحلة البكالوريوس، وايضا مع توسع الجامعة في عدد برامجها وفي مستويات برامجها، ازدادت الحاجة كثيرا لذوي تخصص الرياضيات، فجاء برنامج ماجستير الرياضيات في جامعة الأقصى بقطاع غزة للمساهمة في بناء الانسان الفلسطيني وذلك من خلال زيادة قدرات وتعميق المعرفة لدى خريجي البكالوريوس من الرياضيات او الموضوعات ذات العلاقة القوية بالرياضيات، برنامج الرياضيات بالجامعة يشمل على 3 مسارات: الرياضيات البحتة، الرياضيات التطبيقية، الإحصاء، حيث أن هذا البرنامج: تلبية لحاجة الوطن من خلال توفير كادر في الرياضيات والتشجيع بالبقاء في الوطن وكذلك لتنشيط وتفعيل البحث العلمي في الجامعات.