تعتبر كلية العلوم من أول الكليات في جامعة الأقصى، حيث تم إنشاؤها في عام 1991 وبإمكانيات متواضعة، ثم استمر هذا التطوير من حيث المختبرات والكفاءات العلمية حتى أصبحت تضاهي كليات العلوم العالمية.
ساهمت الكلية في تطوير المجتمع الفلسطيني، وذلك من خلال تزويده بالخريجين المؤهلين للعمل في جميع التخصصات العلمية الصادرة عن الكلية.