لقد كانت جامعة الأقصى أولى الجامعات الفلسطينية التي تفتتح قسمًا للغة الفرنسية في قطاع غزة في عام 2000، بالتعاون مع القنصلية الفرنسية العامة بالقدس، كجزء من المشروع الفرنسي - الفلسطيني في جامعة الأقصى، وتلتها العديد من الجامعات في الضفة الغربية.
وقد شجعت الحكومة الفرنسية في إطار التعاون التعليمي مع السلطة الفلسطينية إدخال اللغة الفرنسية في برامج الجامعات الفلسطينية في قطاع غزة والضفة الغربية، وقد تبنت الحكومة الفلسطينية هذه المبادرة ودعمت تدريس اللغة الفرنسية في مدارسها وجامعاتها، وقد ساهمت الحكومة الفرنسية بتمويل برنامج اللغة الفرنسية، وخصوصاً في المراحل الأولى من تأسيس القسم.
وقد تم افتتاح قسم اللغة الفرنسية بجامعة الأقصى رسمياً كقسم مستقل بذاته يتبع أكاديمياً وإدارياً لكلية الآداب والعلوم الإنسانية بجامعة الأقصى رسميًا منذ بداية العام الدراسي 2000-2001 بالتعاون مع القنصلية الفرنسية العامة بالقدس.
وقد بدأ المشروع الفرنسي-الفلسطيني لإدخال اللغة الفرنسية في المناهج الجامعية في فلسطين في عام 1996 بتدريب المعلمين الفلسطينيين وتدريس دبلوم جامعي لمعلمي اللغة الفرنسية (DUPF) في كلية التربية بغزة، والتي أصبحت الآن جامعة الأقصى، وقد تم في البداية استبدال هذا الدبلوم الذي استمر لمدة عامين في 2000/2001 بشهادة ليسانس لغة فرنسية وأساليب تدريسها لمدة خمس سنوات، وفي العام 2006 تم تقليص عدد سنوات التخصص إلى أربع سنوات، وذلك بالتوازي مع إنشاء قسم اللغة الفرنسية داخل الجامعة، من أجل إعداد معلمي اللغة الفرنسية كلغة أجنبية (FLE)، ومن أجل تلبية احتياجات المدارس الريادية التي تدرس اللغة الفرنسية.
ويعتبر قسم اللغة الفرنسية القسم الوحيد في جامعات قطاع غزة الذي يمنح شهادة ليسانس لغة فرنسية وأساليب تدريسها، وهو تخصص شامل لجميع الجوانب اللغوية والتربوية والتقنية بما يتوافق مع الإطار الأوربي المرجعي العام للغات، وهو تخصص مفتوح للطلاب والطالبات.
كما يعد قسم اللغة الفرنسية في جامعة الأقصى من الأقسام النوعية والمميزة في الجامعة، ويتميز بتوفر جميع الوسائل السمعية البصرية وتقنيات التعليم الحديثة من أجهزة كمبيوتر وإنترنت وبرامج لغة وسبورة رقمية تفاعلية وقاعة فيديوكونفيرنس وآلاف الكتب والمراجع، كما يتميز بأنشطته اللامنهجية المتنوعة التي تخدم المجتمع الفلسطيني بشكل عام، وتسهم في صقل شخصية الطلبة والخريجين وتنمية مهاراتهم لمساعدتهم على الخوض بقوة في سوق العمل.