أنشئت كلية التربية البدنية والرياضة بجامعة الأقصى في العام الجامعي 1995 / 1996م وبدأت كقسم يتبع كلية التربية، واقتصرت الدراسة في بادئ الأمر على البنين فقط، ثم بعد ذلك بدأت الدراسة للبنات في العام الدراسي 1999 / 1998 م، وهي الآن تضم كلا الجنسين، وتقبل الكلية الحاصلين على الثانوية العامة بأقسامها المختلفة (العلمي – الأدبي) (طلاب – طالبات) ولقد تم تخصيص مقر للكلية داخل الحرم الجامعي – خانيونس بكافة الملاعب والصالات المغطاة والقاعات الدراسية والمرافق، ولقد حققت الكلية النجاح الباهر في قيادة أعضاء هيئة التدريس في استخدام أحدث الطرق والوسائل، كما ضمت طلبة متميزين في كافة الرياضات حيث سجلوا العديد من الانجازات الرياضية على المستوى المحلي والعربي، والإقليمي.