أنشئت عمادة شئون الطلبة عام 1998م تطوراً لقسم شئون الطلبة الذي أسس في العام 1991م، حيث كانت الجامعة آنذاك كمعهد للمعلمين تحت إدارة الحكومة المصرية، بهدف إعداد المعلمين وتأهيلهم. وفي عام 1991 م تطور المعهد إلى كلية عرفت بكلية التربية الحكومية، ومنذ ذلك الحين أخذت الكلية تتنامى شيئاً فشيئاً في خططها التعليمية، وأقسامها العلمية، وأساتذتها، وطلابها، وخرّجت الكثير من المدرسين والباحثين ذوى الكفاءة العلمية والتربوية العالية من حملة البكالوريوس والماجستير والدكتوراه عبر برنامج الدراسات العليا المشترك مع جامعة عين شمس ومع بداية العام الجامعي 2000/2001م تم تحويل الكلية إلى جامعة الأقصى. وبعد تحويلها لجامعة تطورت عمادة شئون الطلبة ،وبدأت عملها كعمادة مستقلة تعنى بشكل مباشر بالطلبة واهتماماتهم ونشاطاتهم داخل الجامعة ، وبدأت تفكر بمسئولية كبيرة باتجاهات العمل وآلياته واللوائح التي تضبط عملها فكانت مع الاتجاه الذي يقوم على توزيع عمل العمادة باتجاهاتها الرئيسة في قسم واحد يعمل في ستة اتجاهات وهي: المساعدات والإعفاءات، الإرشاد ، النشاطات اللامنهجية، العمل التطوعي ، شئون الخريجين، والمتابعة اليومية ، وكان عدد العاملين في ذلك الوقت خمسة عاملين. وفي بداية الفصل الأول من العام الجامعي 2003/2004م تطورت العمادة حيث وزعت اتجاهاتها على أقسام أربعة وهي : قسم الأنشطة اللامنهجية ، وقسم البحث الاجتماعي، قسم الإعفاءات والقروض، قسم المتابعة اليومية (الخدمات الطلابية) . وإيماناً من العمادة بضرورة ربط خريجي الجامعة بمؤسسات المجتمع المحلي لإتاحة الفرصة أمامهم لإيجاد فرص عمل مناسبة تم تطوير برنامج العمل التطوعي في بداية الفصل الأول من العام الجامعي 2003/2004م والذي يتطلب أن ينجز الطالب 60 ساعة عمل تطوعي في إحدى مؤسسات المجتمع المدنية كمساهمة من العمادة في مساعدة الطلبة بالانخراط في سوق العمل المحلي . ومواكبة للتطور التكنولوجي وثورة المعلومات المحسوبة تم تطوير أقسام العمادة المختلفة ليتم العمل من خلالها بشكل الكتروني ، فتم حوسبة استمارة البحث الاجتماعي في بداية الفصل الأول من العام الجامعي 2005/2006، ليتمكن جميع الطلبة من إدخالها الكترونيا ، وتطوير برنامج الإعفاءات والمنح. وفي بداية الفصل الأول من العام الجامعي 2005/2006 تم استحداث قسم التدقيق والأرشفة مكلف بالقيام بعمليات التدقيق الداخلي لقياس وتقييم أداء موظفي العمادة والـتأكد من أن موظفي العمادة يقومون بالأعمال الموكلة إليهم على أكمل وجه بما يتوافق وأهداف العمادة، وذلك لتحقيق الوقاية من الأخطاء الغير متعمدة واكتشافها والعمل على تصحيحها، وكذلك يقوم القسم بأرشفة المعاملات الخاصة بالطلبة وحفظها بطريقة معينة بحيث يسهل استرجاعها وقت الحاجة. وبتلاحق أفواج الخريجين برزت الحاجة إلى إضافة قسم الخريجين في بداية الفصل الثاني من العام الجامعي 2007/2008 يُعنى بحاجات الخريجين لمساعدتهم في إيجاد فرص عمل وذلك من خلال التنسيق مع المؤسسات والتطوير البشري وإعدادهم من خلال الدورات التي تساعدهم كل حسب حاجته وما يتناسب مع تخصصاتهم. وفي بداية الفصل الأول من العام الجامعي 2012/2013م تم استحداث قسم التوجيه والإرشاد مكلف بتقديم الخدمات الإرشادية المختلفة بأساليب علمية تطويرية حديثة لمساعدة الفرد لمعرفة نفسه وفهم ذاته ودراسة شخصيته لفهم حاضره وتحليل استعداده وقدراته وميوله لإعداد مستقبله بدقة وحكمة ومسئولية في ضوء الفرص المتاحة أمامه للتغلب على المشكلات التي تعترضه أثناء مراحل دراسته الجامعية والتكيف معها وتطوير مهاراته الشخصية من خلال توجيهه و تزويده بالإرشادات اللازمة المقدمة من قبل المختصين . بالإضافة إلى التعاون المشترك مع قسم التوجيه والإرشاد بوزارة التعليم العالي والقيام بالأنشطة المختلفة والمشتركة لتطوير فئة الشباب بما يواكب التطور الحضاري. ونظراً لتعاظم مسئوليات العمادة وخدمة الأعداد المتزايدة أصبح من الضروري زيادة عدد العاملين فيها حتى وصل عددهم في وقتنا الحالي إلى 37 موظف.