ارتبطت فكرة إنشاء قسم علم الاجتماع في جامعة الأقصى بحاجة المجتمع الفلسطيني إلى هذا التخصص، وبدأت تتجسد هذه الفكرة عام 1996م عندما ساهم أعضاء القسم مع الزملاء في قسمي التاريخ والجغرافيا في تدريس تخصص تعليم أساسي اجتماعيات، وكذلك تدريس مساق مبادئ علم الاجتماع كمتطلب جامعي.
وتم افتتاح تخصص علم الاجتماع لدرجة البكالوريوس
في العام الجامعي 2002-2003م، وتجدر الإشارة إلى أن القسم يخطط لاستحداث تخصصين فرعيين في مجال التنمية الاجتماعية والخدمة الاجتماعية؛ بهدف تلبية حاجات المجتمع الفلسطيني. ويهدف القسم إلى إيجاد كادر فلسطيني قادر على المساهمة في بناء وإعادة بناء الإنسان الفلسطيني المسلح بالمثل والقيم الوطنية الأصيلة وفق رؤية قومية ديمقراطية إنسانية، وبفكر سوسيولوجي ناقد مستند إلى منهج علمي قادر على تفسير الواقع، كخطوة على طريق تغييره، وتطويره إلى الأفضل، وفق رؤية تنموية شاملة.
كما يهدف القسم إلى تأهيل كادر من الباحثين الاجتماعيين المؤهلين في تخصص علم الاجتماع، يكون قادراً على دراسة الواقع وفهمه بخلق وإبداع، وتقديم رؤية سوسيولوجية علمية للمجتمع الفلسطيني؛ للمساهمة في تحقيق التنمية الاجتماعية والثقافية، ودراسة المشكلات الاجتماعية السائدة وبلورة الحلول المناسبة وفق الظروف المحيطة بالمجتمع الفلسطيني، وتقديم الخدمات الاجتماعية للفئات والشرائح الاجتماعية الفلسطينية المختلفة التي بحاجة إلى مساعدة بطريقة علمية.
ويمنح القسم درجة البكالوريوس في تخصص علم الاجتماع.