تأسس برنامج ماجستير العلوم الطبية المخبرية في جامعة الأقصى مع بداية العام الدراسي 2022/2023 بعد اعتماده من هيئة الاعتماد والجودة الفلسطينية في العام الذي سبقه. ولقد عمل قسم العلوم الطبية المخبرية على اعتماد البرنامج في ظل النجاح الكبير الذي حظي به خريجو القسم في مرحلة البكالوريوس والذي تجسد بحصولهم على المراتب الأولى في امتحانات التوظيف التي تجريها وزارة الصحة ووكالة غوث وتشغيل اللاجئين والجمعيات الاهلية والمختبرات الخاصة. وقد تم تصميم برنامج الماجستير في علوم المختبرات الطبية في الجامعة لإنتاج مهنيين متخصصين في مجال البحث العلمي ومجالات التحاليل الطبية المختلفة، مزودين بالمهارات العلمية والعملية المتقدمة في التخصصات الرئيسية للمهنة مثل الكيمياء السريرية، وعلم الأحياء الدقيقة والفيروسات، والمناعة السريرية، وعلم أمراض الدم، وعلم الوراثة الجزيئية، وإدارة المختبرات. كما يهدف البرنامج الى اعداد باحثين متميزين في مجال البحوث الطبية والصحية على المستوى النظري والعملي قادرين على استغلال مهاراتهم في التعرف على الفجوات البحثية المعرفية والإشكاليات التي تواجه الخدمات الصحية في فلسطين والعالم، والمساهمة في تقديم الحلول المناسبة لها من واقع عملهم واطلاعهم ودراستهم.