أنشىء قسم المحاسبة بجامعة الأقصى عام 2005م وأصبح يمثل المركز الأول بين أقسام الكلية من حيث أعداد الطلاب الخريجين من القسم، ويقدم القسم برنامجاً علمياً متكاملاً بالاشتراك مع الأقسام العلمية الأخرى بالجامعة يؤهل لدرجة البكالوريوس في المحاسبة الذي يعتبر الركيزة الأساسية لمزاولة مهنة المحاسبة والمراجعة بصفة نظامية، و تتمثل المهمة الأساسية للقسم في إعداد الكوادر المؤهلة في مجال المحاسبة والتدقيق، القادرة على مواكبة التطور الاقتصادي، و بالإسهام في تأمين ما تحتاج إليه المشروعات المحلية والعربية من موارد بشرية ذات كفاءة عالية في مختلف أنشطتها، وخاصة في مجالات المحاسبة المالية، ومحاسبة التكاليف، ومراجعة الحسابات، والمحاسبة الضريبية، والمحاسبة الإدارية، ومحاسبة البنوك و المؤسسات المالية الأخرى، ومحاسبة المهن الحرة و معايير المحاسبة الدولية، ويعتمد القسم في تدريسه أحدث التسهيلات والمعلومات والمستجدات التي توفرها نظريات وتقنيات عصر المعلومات والاتصالات المتقدمة.