أنشئ قسم الفيزياء في جامعة الأقصى في عام 1991 حيث كان يمنح درجة البكالوريوس في التربية تخصص فيزياء وكيمياء مزدوج، وذلك بالتعاون مع قسم الكيمياء، وفي العام الجامعي 1997/1996م تم تطوير التخصص المزدوج إلى تخصص فيزياء رئيسي، كيمياء فرعي، أما الآن فيمنح القسم درجة البكالوريوس تخصص فيزياء، ودرجة البكالوريوس تخصص فيزياء وأساليب تدريسها. قد شهد القسم تطورات ملحوظة تمثلت في تحديث الخطط الدراسية، وتطوير المعامل، أما تحديث الخطط الدراسية فقد اعتمد على تلبية احتياجات سوق العمل، واعتماد المعايير الدولية والمناهج الدراسية المتبعة في الجامعات العالمية، وأما تطوير المختبرات فقد تم بناء وتحديث المختبرات القائمة واستحداث عدد من مختبرات التخصص المتقدمة ليصل عدد المختبرات بالقسم إلى 5 مختبرات مجهزة بدرجة عالية ثلاثة في فرع الجامعة في غزة واثنان في فرع الجامعة في خانيونس. والهدف الأساسي لهذه المختبرات هو ترسيخ المفاهيم النظرية التي يتم تدريسها في المساقات المختلفة من خلال إجراء تجارب عملية داخل تلك المختبرات.