أُنشئ قسم الكيمياء عام 1991م مع نشأة كلية التربية الحكومية، حيث كان يمنح درجة البكالوريوس في التربية نخصص كيمياء وفيزياء مزدوج. ثم في عام 1997 أصبح يمنح درجة البكالوريوس في التربية تخصص رئيسي كيمياء فرعي فيزياء وتخصص رئيسي كيمياء فرعي أحياء. وباعتماد جامعة الأقصى في عام 2000م ، أصبح قسم الكيمياء يمنح الطلبة درجة البكالوريوس في الكيمياء والكيمياء وأساليب تدريسها بعد استيفائهم متطلبات التخرج ويقوم القسم بتأهيل الطلبة في مجال الكيمياء بفروعها المختلفة (الكيمياء العضوية- الكيمياء غير العضوية- الكيمياء التحليلية- الكيمياء الفيزيائية).
عدد أعضاء هيئة التدريس (19) عضوا منهم (7) استاذ دكتور و (6) استاذ مشارك و(3) دكتوراه "أستاذ مساعد"، و(3) ماجستير، بالإضافة الى نخبة من الفنيين المؤهلين للإشراف على تجهيز وتشغيل المختبرات العلمية. يوجد اربعة معامل لاستخدام الطلبة ذات إمكانيات جيدة، اثنان في القسم فرع غزة و ثلاثة في القسم فرع خان يونس، وأيضاً هناك معمل أبحاث لأعضاء الهيئة التدريسية لخدمة البحث العلمي.