افتتح قسم الرياضيات سنة 1991 لحاجة المجتمع الماسة له. ويعد أحد أقسام كلية العلوم التطبيقية الرئيسية والرائدة بجامعة الأقصى ويضم نخبة من أعضاء هيئة التدريس، ويقوم بتدريس مساقات الرياضيات المختلفة من متطلبات تخصص الرياضيات ، ومتطلبات الجامعة ومتطلبات كلية العلوم التطبيقية وكلية العلوم الطبية.
ويمنح القسم درجة البكالوريوس في التخصصات التالية:
أ- بكالوريوس العلوم تخصص الرياضيات
ب- بكالوريوس تربية تخصص الرياضيات و أساليب تدريسها
ج- بكالوريوس تربية تخصص تعليم الرياضيات
وسيمنح القسم درجة الماجستير في الرياضيات والذي تم اعتماده مؤخراً.