تتميز كلية الإدارة والتمويل في جامعة الأقصى بأقسام أكاديمية متميزة وهي:
1- قسم إدارة الأعمال:
أنشئ قسم إدارة الأعمال التابع لكلية الإدارة والتمويل في عام 2006م وذلك لتوفير كوادر بشرية ذات مهارة عالية ومتخصصة في هذا المجال وايضا لدعم المؤسسات سواء كانت الحكومية او الغير حكومية بهذه الكوادر.
يمنح القسم درجة البكالوريوس في إدارة الاعمال بعد ان يكمل الطالب عدد (136) ساعة دراسية معتمدة في البرنامج موزعة بين متطلبات كلية وتخصص وساعات حرة يستطيع الطالب تسجيلها في اي كلية من كليات الجامعة.
ويعتبر تخصص إدارة الأعمال في ظل الاقتصاديات الحرة ميزة لخريجيه فالتخصص يمنح لحامله القدرة على ممارسة أعمال تتصل بتخصصات متعددة أخرى مما يتيح له فرصة أكبر للعمل.
ويركز القسم حاليا على القيام بالدور الريادي المطلوب منه مستقبلا من خلال تبادل الخبرات العالمية والاستفادة من الإمكانيات والقدرات العالمية الممكنة استخدامها، يشمل تخصص إدارة الأعمال على عدداً كبيراً من المساقات مثل: الإدارة ، التمويل والاستثمار ، التسويق ، بحوث إدارة العمليات ، إدارة نظم المعلومات ، إدارة الأعمال الدولية مما يتيح فرص لا محدودة لخريجيه بتأهيلهم لسوق العمل.
2- قسم المحاسبة:
مهنة المحاسبة كغيرها من المهن كالطب والهندسة لها دورها ومكانتها وأهميتها لدى المجتمعات المتطورة، فقد أفردت لها دراسات متخصصة في الجامعات لتدريس أصولها وقواعدها وأسست لها جمعيات مهنية محلية ودولية تعقد الامتحانات التأهيلية لعضويتها، و تحرص على تطوير مستوى الكفاءة والممارسة والسلوك المهني بين أعضائها وتعمل على حماية وحفظ استقلاليتهم وممارسة الرقابة المهنية عليهم والقيام بكل ما من شأنه تقدم وحماية سمعة المهنة سواء فيما يتعلق بالممارسة المهنية أو الخدمة في مجال الصناعة أو التجارة أو الخدمة العامة إذن فالمحاسبة علم من العلوم الاجتماعية يتفاعل من حيث الهدف والوسائل مع تطور المجتمع وحاجياته .
3- قسم نظم المعلومات الإدارية والتجارية المعاصرة:
يسهم قسم نظم المعلومات الإدارية بشكل كبير في ثورة تقنيات المعلومات وإدارة المال والأعمال، وتخريج الكوادر الوطنية المؤهلة لقيادة دفة قطاع التكنولوجيا والمال والأعمال في فلسطين.
يمنح قسم نظم المعلومات الإدارية درجة البكالوريوس في نظم المعلومات الإدارية والتجارية المعاصرة بعد إنجاز 132 ساعة معتمدة في برنامج صمم بمزيج متوازن ودقيق بين النظري العملي لمنح الطالب فرصة لتطوير مهاراته التقنية والإدارية.
كما يهدف القسم إلى إعداد خريجين بكفاءات تأهلهم على دخول سوق العمل وتساعدهم على القيام بمهام العمل المتعلق بتطوير وتصميم وتأهيل نظم المعلومات الإدارية في الشركات والمنظمات بشكل عام.
يجمع تخصص نظم المعلومات الإدارية والتجارية المعاصرة بين مجال تقنية المعلومات ومجال إدارة الأعمال في منظومة متكاملة لإعداد خريج يستطيع أن يتطلع بدوره المنوط به في تطوير وإدارة أنظمة المعلومات. حيث يوفر التخصص مجال عمل ووظائف تشمل محلل ومصمم نظم المعلومات، مصمم ومطور ومدير قواعد بيانات، مدير مشاريع، مطور مواقع الإنترنت، مطور الأعمال على الإنترنت، تسويق إلكتروني.
يتكون القسم من أعضاء هيئة تدريسية ذات مؤهلات وخبرات واسعة يشكلون فريق عمل متجانس وحريص على الأداء المتميز.